上海海事大学物流研究中心是上海海事大学校级研究机构，主管副校长黄有方博士任物流研究中心主任。上海海事大学物流研究中心配置专职的支部书记兼副主任主持日常的行政和业务工作，上海海事大学物流研究中心下设“物流研究中心办公室”、“物流高层次紧缺人才研究开发部”、“物流经济与管理研究所”、“第三方物流研究所”、“城市物流规划研究所” 以及“物流情报研究所”等机构（见下图）。